1. La création et l'organisation de la « machine de mort »
Lorsque, dès le premier tour des élections législatives du 26 décembre 1991, la victoire du Front islamique du salut (FIS) fut annoncée, un petit groupe de généraux, soutenu par une partie de l'élite francophone, a mis en application un plan préparé depuis plus d'un an et destiné à faire barrage au mouvement islamiste. Le coup d'État du 11 janvier 1992 a été officiellement motivé par le caractère avéré ou supposé antidémocratique de ce mouvement. Mais de nombreux témoignages concordants attestent que la véritable motivation des putschistes — qui s'étaient assurés de la bienveillance des chancelleries occidentales avant d'intervenir — était leur crainte d'être balayé du pouvoir et de devoir rendre des comptes à propos de la répression sauvage des émeutes d'octobre 1988 et de la grève du FIS de juin 1991.
La machine qui allait se mettre en branle utilisera et exploitera tous les rouages de l'État. Mais avant d'assujettir la justice, l'administration et les médias, c'est l'appareil sécuritaire qui connut une nouvelle extension. Le c½ur de ce dispositif — nous allons y revenir en détail — était constitué des services secrets de l'armée, la redoutable Sécurité militaire (SM), devenue DRS (Département de renseignement et de sécurité) en septembre 1990 et dirigée par le général Mohammed Médiène (dit « Toufik ») et son second, le chef de la DCE (Direction du contre-espionnage) Smaïl Lamari (dit « Smaïn »). Dès janvier 1992, le DRS chapeaute et coordonne toute la lutte « antiterroriste », en collaboration avec le général Mohamed Lamari, commandant des forces terrestres au sein de l'état-major de l'Armée nationale populaire (ANP). Désavoué en mars 1992 par le président Mohammed Boudiaf, Mohamed Lamari reviendra au premier plan après l'assassinat de ce dernier en juin 1992 : le général-major Khaled Nezzar, ministre de la Défense, l'élèvera en juillet au grade de général-major en lui assignant comme objectif d'organiser les « forces spéciales » de l'ANP au sein d'une nouvelle structure appelée CCC/ALAS (Centre de conduite et de coordination des actions de lutte anti-subversive), communément appelée CLAS ; en juillet 1993, le général-major Mohamed Lamari sera nommé chef d'état-major de l'ANP, poste qu'il occupe toujours à ce jour.
Les troupes régulières de l'armée seront elles aussi totalement impliquées dans cette guerre livrée par le commandement militaire à la population, mais dans des formes plus classiques : opérations de ratissages, bombardements, protection de sites sensibles, etc.
La gendarmerie nationale, comme corps de l'armée, sera elle aussi partie prenante dans cette tragédie — les témoignages de torturés l'attestent sans aucune ambiguïté —, même s'il faut relever que le commandement de la gendarmerie n'a pas toujours approuvé les méthodes « éradicatrices » des « janviéristes ». Les unités d'intervention spéciale de la gendarmerie, les GIR (Groupes d'intervention rapide), joueront le rôle le plus actif dans la répression, en particulier ceux de la région d'Alger, le GIR 1 (localisé à Chéraga) et le GIR 2 (localisé à Réghaïa), spécialement chargés de réaliser des exécutions extrajudiciaires.
Quant à la police (DGSN, Direction générale de la sûreté nationale), corps dépendant du ministre de l'Intérieur et non pas de celui de la Défense, elle a été totalement assujettie à la stratégie de « guerre totale » et placée, dans les faits, sous la direction du DRS.
Enfin, à partir du printemps 1994, ce dispositif répressif sera complété par des milices de civils (qualifiés de « patriotes »), placées officiellement sous la responsabilité du ministère de l'Intérieur, et qui joueront au fil des années un rôle croissant dans le déploiement de la terreur contre les populations civiles.